Şrek ve Fiona'nın krallığın yönetiminde yaşadığı zorlukları ve bunun getirdiği sorumlulukları ele alıyor. Film, Şrek’in artık bir kral olduğunu öğrenmesiyle başlar. Ancak, Şrek ve Fiona bu yeni yaşam tarzından pek de memnun değillerdir. Huzurlu bataklık hayatlarını özlemektedirler. Bu durumda, tahtın gerçek varisi olan Artus'u bulmak için yola çıkarlar. Eşek ve Çizmeli Kedi de onlara katılır. Artus’u bulduktan sonra, onu ikna etmeleri gerekecektir ki bu süreçte birçok komik ve zorlu macera yaşarlar. Aynı zamanda, evde kalan Fiona ise Prens Charming ile karşı karşıya gelir. Charming, krallıkta gücü ele geçirmeye çalışırken, Fiona da onu durdurmak için kendi mücadelesini vermek zorundadır.